如何组织一个java web项目

我正在创建一个Java, JavaScript, html, css和MySQL数据库项目。我没有使用任何像ant或maven这样的内置工具。在与JavaScript和servlet, jdbc和其他文件交互期间，我遇到了很多问题。谁能告诉我组织java web项目的最好方法是什么?请不要告诉我使用Ant或Maven或任何其他构建工具。我找到了一个答案，谁能告诉我，我的文件结构在这样的组织。我当前的代码是这样的:

  - aarya(project name)   
        |
         - WEB-INF
                 |
        |         -web.xml
        -src
           |
          -pkg
           |
            -coreServlet.java
            -main.java
        |
        -html
            |
            - core.html
        |
        - css
             |
             -core.css
        |
        -javascript
                  |
                   -core.js
        |
        - lib
        |
        -index.html

我在java和html和JavaScript交互方面面临很多问题，请告诉我最好的组织方式。请给出详细的链接或详细的答案。