我应该根据行数分开我的javascript代码文件吗?

代码行数无关紧要。从速度的角度来看，最好将它放在一个文件中，因为这样可以减少到服务器的次数，并且浏览器可以缓存该文件以供将来使用它的所有页面使用。

听起来你没有在文件上运行最小化器(如YUI Compressor)来缩小大小。这是我要采取的下一步，因为它将减少文件大小和减少下载时间。

对于执行，一个文件是最好的，除非它是模块化的，并且您在其他地方使用了一些模块。

对于编码来说，读起来舒服的就是最好的。如果您可以在5000行JS文件中找到自己的方法(例如，通过智能地使用折叠等)，那么5000行文件就可以了。